Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 9 Tahun 2025 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan, Balai Veteriner yang selanjutnya disingkat BV adalah UPT Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan yang melaksanakan pengamatan, pengidentifikasian penyakit hewan, pengujian produk hewan serta penguatan teknik dan metode pengamatan dan pengidentifikasian penyakit hewan, diagnosis dan pengujian veteriner.  Keberadaan Balai Veteriner Medan dapat menunjang program dan kegitan pada Dinas yang membidangi fungsi peternakan dan kesehatan hewan di wilayah Provinsi Sumatera Utara dan Provinsi Aceh.

Pada Pasal 65 dijelaskan bahwa Balai Veteriner mempunyai tugas "Melaksanakan pengamatan dan pengidentifikasian penyakit hewan, pengujian produk hewan, dan pengujian veteriner. "

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 65, Balai Veteriner menyelenggarakan 15 fungsi:

1. penyusunan rencana program dan anggaran, pelaksanaan kerja sama, pemantauan, serta evaluasi dan pelaporan;
2. pelaksanaan surveilans, penyidikan, pemeriksaan dan pengujian penyakit hewan, serta pemberian rekomendasi hasil pemeriksaan dan pengujian;
3. pelaksanaan surveilans, penyidikan, pemeriksaan, dan pengujian mutu dan keamanan produk hewan, zoonosis yang ditularkan melalui produk hewan, serta penggunaan dan resistensi antimikrobia;
4. pemeriksaan dan pengujian semen, embrio, dan pelaksanaan diagnosis penyakit hewan;
5. penyusunan jenis, status situasi dan peta penyakit hewan wilayah kerja;
6. pelaksanaan pelayanan laboratorium rujukan nasional dan acuan diagnosis penyakit hewan menular;
7. pelaksanaan pengujian forensik veteriner; 
8. pelaksanaan peningkatan kesadaran masyarakat dan diseminasi informasi veteriner; 
9. pelaksanaan analisis toksikologi veteriner dan keamanan pakan;
10. pelaksanaan bimbingan teknis surveilans, penyidikan, pemeriksaan dan pengujian laboratorium serta kesejahteraan hewan; 
11. pelaksanaan analisis risiko penyakit hewan dan keamanan produk hewan di wilayah kerja; 
12. pemantauan dan evaluasi pelaksanaan pelayanan kesehatan hewan dan kesehatan masyarakat veteriner di wilayah kerja; 
13. pelaksanaan analisis veteriner, dan penguatan terhadap teknik dan metode serta diseminasi;
14. pelaksanaan sistem manajemen mutu layanan; dan
15. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga BV.