Balai Veteriner Medan merupakan institusi dibidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner yang mempunyai tugas pokok dan fungsi melaksanakan kegiatan penyidikan penyakit hewan, pengujian kesehatan hewan dan produk asal hewan serta pengamanan hewan dan produk asal hewan. Keberadaan Balai Veteriner Medan dapat menunjang program dan kegitan pada Dinas yang membidangi fungsi peternakan dan kesehatan hewan di wilayah Provinsi Sumatera Utara dan Provinsi Aceh.

Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 43 Tahun 2020 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan Dan Kesehatan Hewan tanggal 23 Desember 2020, pada Bab II Pasal 46 dinyatakan bahwa Balai Veteriner mempunyai tugas melaksanakan pengamatan dan pengidentifikasian diagnosa, pengujian veteriner dan produk hewan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 46 tersebut, Balai Veteriner Medan menyelenggarakan 21 fungsi:

•  Penyusunan Program, Rencana Kerja, dan Anggaran, Pelaksanaan Kerja Sama, serta Penyiapan Evaluasi dan Pelaporant
•  Pelaksanaan Penyidikan Penyakit Hewan
•  Pelaksanaan Penyidikan Melalui Pemeriksaan dan Pengujian Produk Hewan
•  Pelaksanaan Surveilans Penyakit Hewan, dan Produk Hewann
•  Pemeriksaan Kesehatan Hewan, Semen, Embrio, dan Pelaksanaan Diagnosa Penyakit Hewan
•  Pembuatan Peta Penyakit Hewan Regional
•  Pelaksanaan Pelayanan Laboratorium Rujukan dan Acuan Diagnosa Penyakit Hewan Menular
•  Pelaksanaan Pengujian dan Pemberian Laporan dan/ Atau Sertifikasi Hasil Uji
•  Pelaksanaan Pengujian Forensik Veteriner
•  Pelaksanaan Peningkatan Kesadaran Masyarak (Public Awareness)
•  Pelaksanaan Kajian Terbatas Teknis Veteriner
•  Pelaksanaan Pengujian Toksikologi Veteriner dan Keamanan Pakan
•  Pemberian Bimbingan Teknis Laboratorium Veteriner, Puskeswan, dan Kesejahteraan Hewan
•  Pemberian Rekomendasi Hasil Pemeriksaan dan Pengujian Veteriner, serta Bimbingan Teknis Penanggulangan Penyakit Hewan
•  Pelaksanaan Analisis Resiko Penyakit Hewan dan Keamanan Produk Hewan Di Regional
•  Pemantauan dan Evaluasi Pelaksanaan Pelayanan Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner
•  Pengkajian Batas Maksimum Residu Obat Hewan dan Cemaran Mikroba
•  Pemberian Pelayanan Teknis Pengamatan dan Pengidentifikasian Diagnosa, Pengujian Veteriner dan Produk Hewan
•  Pengumpulan, Pengolahan, dan Analisis Data Pengamatan dan Pengidentifikasian Diagnosa, Pengujian Veteriner dan Produk Hewan
•  Pengembangan Sistem dan Diseminasi Informasi Veteriner
•  Pelaksanaan Urusan Tata Usaha dan Rumah Tangga BVet